Księgozbiór malborski liczy obecnie ponad 29 tys. woluminów książek zwiazanych z profilem działalności Muzeum. Znajdują się tu dzieła o tematyce specjalistycznej, ze szczególnym naciskiem na architekturę obronną, sztukę, rzemiosła artystyczne, muzeologię i konserwację zabytków; posiadamy też podstawowe prace z archeologii, historii powszechnej i Polski (głównie z okresu średniowiecza) oraz literaturę dotycząca historii Malborka i okolic. W skład księgozbioru wchodzi również duży wybór słowników, leksykonów i encyklopedii o charakterze ogólnym oraz specjalistycznym.
