Zakon krzyżacki od początku swego panowania Prusach był monopolistą w zakresie wydobywania i handlu bursztynem. Przedmioty bursztynowe z całą pewnością stanowiły element wyposażenia różnych pomieszczeń na zamku.
W nawiązaniu do wielowiekowej tradycji, po utworzeniu Muzeum Zamkowego w roku 1961, rozpoczęto gromadzenie kolekcji bursztynu. Pozyskiwano i nadal pozyskuje się zarówno okazy naturalne, jak i dzieła sztuki: zabytkowe oraz współczesne. Zbiór przyrodniczy obejmuje ponad 700 okazów o zróżnicowanej wielkości, formach, barwach i stopniu przejrzystości, a wśród nich liczne, zawierające inkluzje zwierzęce i roślinne.
Trzon kolekcji stanowią obiekty historyczne prezentujące najwyższy poziom rzemiosła bursztynniczego od czasów neolitu po okres międzywojenny. Najcenniejsze są zabytki nowożytne takie jak: fragment kolii i korale męskie z XVII wieku, opatrzony datą 1687 ołtarz, XVII- i XVIII- wieczne szkatuły i rzeźby autorstwa gdańskich artystów (m.in. Redlina i Mauchera), a także tzw. Kabinet Stanisława Augusta Poniatowskiego czy przedmioty takie jak szachy, fajki etc.
Muzeum gromadzi także wyroby współczesne – począwszy od masowych, anonimowych prac z lat 60-tych po biżuterię artystyczną wysoko cenionych projektantów. W kolekcji znajdują się m.in. dzieła grupy Piro, Janusza i Waldemara Góralskich, Marii i Pawła Fietkiewiczów, Wandy i Bogdana Frydrychowiczów, Mariusza Drapikowskiego czy Pauliny Binek.
Najcenniejsze dzieła z kolekcji eksponowane są na wystawie
Bursztynowe konteksty, Przyziemie Skrzydła Wschodniego Zamku Średniego.
