W przyziemiu skrzydła zachodniego, do którego wiodło osobne wejście z dziedzińca, mieściło się archiwum i kancelaria Zakonu – jeden z najważniejszych urzędów krzyżackich. Na czele kancelarii stał kapelan wielkich mistrzów. Być może tu również funkcjonowała tak zwana mała kancelaria czyli kancelaria osobista wielkiego mistrza, która rozpoczęła działalność w drugiej ćwierci XIV wieku w czasach, gdy na czele korporacji stał Werner von Orseln. Na początku XIV wieku Malbork stał się stolicą państwa zakonu krzyżackiego w Prusach. Tutaj osiadł wielki mistrz krzyżacki, który był głową owego państwa, a do zarządzania nim potrzebni byli urzędnicy. I taki centralny aparat urzędniczy powstał w zamku malborskim, a jego najważniejszym elementem była kancelaria – miejsce, gdzie przygotowywano krzyżackie dokumenty. Wystawa „Kancelaria wielkich mistrzów i państwo zakonne w Prusach” pokazuje jak taka kancelaria działała.

Tu dowiemy się jak pracował średniowieczny pisarz (skryba), jak przygotowywano dokumenty i listy, w jaki sposób powstawała pieczęć i jakimi przyborami się posługiwano. Dowiemy się nie tylko jak działała krzyżacka poczta, i to w skali ogólnoeuropejskiej, ale także o tym – to gratka dla miłośników średniowiecznych tajemnic – że Krzyżacy część swoich pism szyfrowali. W gablotach wystawy znalazły się także współczesne kopie najważniejszych dokumentów z terenu państwa krzyżackiego, jak chociażby: kopia dokumentu odnowionego aktu lokacji dla Malborka (1304), przywileju dla Starego Miasta Torunia (1393), czy w końcu robiąca duże wrażenie, z powodu przywieszonych kilkudziesięciu pieczęci, kopia aktu założycielskiego Związku Pruskiego (1440).
Kancelaria krzyżacka na zamku była częścią dobrze działającej, budzącej uznanie i podziw w Europie, machiny urzędniczej państwa zakonnego. I o tym także opowiada wystawa – wielki mistrz krzyżacki i jego współpracownicy, to także swoisty rząd centralny. Państwo to biło swoje monety – sporo ich obejrzymy na wystawie – a na nich umieszczano symbole, które miały podkreślać wspaniałość państwa zakonnego. Tu znajdziemy Krzyżaków nie jako zakonników, ale jako władców państwa, co pozwala dostrzec ich w nieco innym, niż zazwyczaj, świetle. W 2001 r., z okazji 40-lecia Muzeum Zamkowego w Malborku, została otwarta wystawa czasowa pod tym tytułem Kancelaria wielkich mistrzów w Malborku. Była to pierwsza w historii Muzeum Zamkowego w Malborku wystawa prezentująca jeden z najważniejszych krzyżackich urzędów administracyjnych. Ekspozycja, na której znalazły się dokumenty, listy, księgi oraz tabliczki woskowe z Archiwów Państwowych w Gdańsku i Toruniu oraz Biblioteki Gdańskiej PAN cieszyła się dużą popularnością wśród widzów. Zdecydowano się więc, aby pomieszczenia dawnej kancelarii w Przyziemiu Pałacu Wielkich Mistrzów były miejscem, w którym prezentowana tematyka zagości na stałe. Wykonano więc odpowiednie kopie i od 2002 r. z małymi przerwami na inne wystawy czasowe kancelaria funkcjonowała w formie wystawy stałej. W związku z organizowaną w 2007 r. wystawą Imagines Potestatis zostały udostępnione pozostałe sale Przyziemia, wykorzystywane wcześniej w celach magazynowych – to bardzo dekoracyjna Sala Rady Wielkiego Mistrza i pomieszczenia przyległe, w tym tzw. archiwum. Dają one nowe możliwości aranżacyjne, a poza tym miejsce do planowanej wcześniej prezentacji funkcjonowania państwa zakonnego w Prusach, jako struktury administracyjnej W 10-lecie otwarcia pierwszej wystawy kancelaryjnej i w obliczu 50-lecia Muzeum Zamkowego wystawa została otwarta w nowym kształcie.

Wystawa prezentuje warsztat pracy średniowiecznego skryby, używane przez niego materiały i narzędzia. Zobaczyć można sposoby uwierzytelniania dokumentów i wykonywania pieczęci. Na tym ogólnym tle zaprezentowano organizację kancelarii wielkich mistrzów, jej personel i organizację pracy jednego z najważniejszych ogni krzyżackiej administracji. Odrębnym, choć związanym z tym zagadnieniem jest funkcjonowanie krzyżackiej poczty, która rozwoziła listy wielkich mistrzów po całej Europie. Najważniejsze pisma były oczywiście szyfrowane, a klucz do szyfrów także naleźć można na ekspozycji. Poczta zakonna jest dobrym wstępem do drugiej części wystawy w której przedstawione zostanie funkcjonowanie państwa zakonnego w Prusach i samych Krzyżaków nie jako zakonników (to powinno być zrealizowane na Zamku Wysokim) ale władców terytorialnych. Sala Rady Wielkiego Mistrza, miejsce gdzie w wąskim gronie dostojników krzyżackich zapadały najważniejsze decyzje państwowe jest idealnym do tego miejscem. Tam znajdzie się najbardziej powszechny materiał propagandowy średniowiecza – bite przez Krzyżaków monety, pochodzące ze zbiorów Muzeum Zamkowego w Malborku. Zaprezentowana zostanie historia Krzyża noszonego przez wielkich mistrzów oraz rekonstrukcje strojów noszonych przez najważniejszych dostojników zakonnych i ich dwór. Ta część wystawy będzie modyfikowana i wzbogacana o nowe elementy, a jej docelową odsłonę obejrzymy w przyszłym roku.