LATA 1457 – 1772

W trakcie wojny trzynastoletniej, w czerwcu 1457 roku Malbork zajęły wojska polskie. Zarząd zamkiem spoczął w rękach starosty królewskiego i podległego mu burgrabiego. Z licznych XVI – XVIII-wiecznych lustracji obiektu przeprowadzanych przez urzędników dworskich wynika, że funkcje poszczególnych jego części uległy zmianom. Zamek Wysoki przestał być klasztorem a stał się gospodarczym zapleczem twierdzy. Przechowywano tu smołę, sól, piwo, chmiel i inne produkty żywnościowe. Załoga wojskowa i kadra urzędnicza mieszkała na Zamku Średnim. Przedzamcze adaptowano dla potrzeb ściśle militarnych. W Karwanie magazynowano działa, kule i inną broń strzelecką. W basztach i wieżach – beczki z prochem i saletrą. Zespół zamkowy, budowany i modernizowany przez Krzyżaków – w czasach polskich zaczął być zaniedbywany. Z utrzymaniem w należytym stanie tak wielkiego założenia obronnego wiązały się ogromne koszty, na pokrycie których stale brakowało środków. Wspominają o tym wyżej wymienione lustracje. Już w jednej z pierwszych (1565) znajduje się wzmianka o zarysowaniu się ściany północnej Wielkiego Refektarza. Defekt ten był początkiem problemu, którego rozwiązanie znalazło zakończenie w latach bieżących.

Na początku XVII wieku niektóre z pomieszczeń Pałacu Wielkich Mistrzów zaadaptowano na apartamenty królewskie. Wojny szwedzkie nie spowodowały większych strat w obrębie głównej warowni. Poważną szkodą było natomiast przypadkowe podpalenie dachów Zamku Wysokiego w maju 1644 roku. Zniszczeniu uległy wówczas także średniowieczne krużganki. Odbudowano je niebawem, lecz w znacznie innych, barokowych formach.

W 1647 roku postawiono nowy dach nad kościołem. Remont pozostałych przeciągał się bardzo długo. Doprowadziło to do zawalenia się sklepień w skrzydle południowym i Kapitularzu w 1675 roku. Dopiero w połowie XVIII wieku, z polecenia króla Augusta II, położono nowe dachy na Zamku Wysokim, zaś wieżę główną zwieńczono hełmem z latarnią.

W latach 1756-67 pomiędzy kościołem Najświętszej Marii Panny a Zamkiem Średnim, na miejscu dawnej Wieży Kleszej, zbudowano wielki gmach kolegium jezuickiego. Zakon ten w latach 1652-1772 opiekował się kościołem zamkowym. Prace budowlane na Zamku Średnim w końcu XVII i pierwszej połowie XVIII wieku ograniczały się do bieżących remontów pomieszczeń skrzydła północnego dla potrzeb starostwa, zaś skrzydła wschodniego dla ekonomii malborskiej.